Hvis det er samlet underskudd for et regnskapsår i en jurisdiksjon, og justert skatt for jurisdiksjonen er negativ og lavere enn et beløp som tilsvarer 15 prosent av samlet justert underskudd, skal det foretas etterberegning av suppleringsskatt for det aktuelle året, jf. suppleringsskatteloven § 4‑1 femte ledd. Justert underskudd i kombinasjon med lavere justerte skatter enn forventet kan bl.a. oppstå hvor det er permanente forskjeller mellom regnskap og skatt som følge av skattefrie inntekter eller utvidede skattemessige fradrag som ikke er utlignet gjennom justeringene av det regnskapsmessige resultat etter suppleringsskatteloven § 3‑1 til § 3‑5. Etterberegningen skal hindre at permanente forskjeller skjermer inntekt fra suppleringsskatt.

Etterberegnet suppleringsskatt skal fastsettes til et beløp tilsvarende differansen mellom samlet justert skatt for konsernenheten fratrukket 15 prosent av justert underskudd. Dette innebærer at den etterberegnede suppleringskatten tilsvarer maksimalbeløpet som den permanente forskjellen ellers ville skjermet for skattlegging for suppleringsskatt.

Den etterberegnede suppleringsskatten skal fordeles til hver konsernenhet i jurisdiksjonen i samsvar med suppleringsskatteloven § 5‑4 tredje ledd, sepkt. 8.5.3.

I stedet for å betale den etterberegnede suppleringsskatten direkte, kan konsernenheten velge å benytte seg av «fremgangsmåte for bruk av overskytende negativ skattekostnad», jf. suppleringsskatteloven § 4‑1 femte ledd tredje punktum. Ved bruk av dette alternativet fremføres hele den etterberegnede suppleringsskatten på suppleringsskattesaldoen «overskytende negativ skattekostnad» mot overskudd i senere år. Konsernenhetene i jurisdiksjonen skal da redusere samlet justert skatt i etterfølgende år, med «overskytende negative skattekostnad» som ble beregnet det året valget ble tatt, jf. suppleringsskatteloven § 4‑1 femte ledd fjerde punktum. Den overskytende negative skattekostnaden må benyttes til å redusere samlet justert skatt hvert etterfølgende år og fremføres til senere år inntil den er brukt opp. Så lenge beregnet skatt på overskudd i senere år er lavere enn restsaldo på «overskytende negativ skattekostnad» vil effektiv skattesats for det senere året være null. Da påløper 15 % suppleringsskatt på årets resultat. Det året «overskytende negativ skattekostnad»-saldoen blir oppbrukt, vil det påløpe suppleringsskatt med beregnet suppleringsskattesats for året, (mellom 0 % og 15 %).

Den overskytende negative skattekostnaden tilhører jurisdiksjonen hvor den er oppstått og videreføres på eiende konsernenhets nivå inntil den er oppbrukt, uavhengig av avhendelse og anskaffelse av konsernenheter lokalisert i jurisdiksjonen. Saldo for «overskytende negativ skattekostnad» beholdes av konsernet selv om alle konsernenheter i jurisdiksjonen avhendes, og skal benyttes dersom konsernet igjen får konsernenheter i jurisdiksjonen, jf. suppleringsskatteloven § 4‑1 femte ledd femte punktum.