Kostnader inngår i utgangspunktet i grunnlaget for Skattefunn-fradrag det inntektsåret kostnadene tidfestes etter de alminnelige skattereglene. Dette innebærer for eksempel at varer og tjenester som kjøpes inn til prosjektet og som ikke skal aktiveres etter de alminnelige skattereglene, føres inn i grunnlaget for Skattefunn-fradrag det året kostnadene pådras. Kostnader til kjøp av betydelig og varig utstyr som er omtalt underpkt. 6.4, jf. sktl. § 14‑40 første ledd, tidfestes som grunnlag for skattefradrag i samsvar med avskrivningsreglene, jf. FIN 30. mai 2005 i Utv. 2005/833. Se eksempel på dette fra SkatteklagenemndaSKNS1-2024-66 (Skattyteren hadde investert betydelige beløp i bygning som skulle brukes direkte i FoU-prosjektet og krevde at hele investeringen skulle inngå i grunnlaget for Skattefunn-fradrag selv om investeringen var aktiveringspliktig og avskrivbar etter de alminnelige skattereglene. Nemnda var ikke enig og lot kun saldoavskrivningene inngå i grunnlaget for Skattefunn-fradrag. Nemnda drøftet også forholdet til tidligere nemndavgjørelse iSKNS1-2022-24.).

Personalkostnader og indirekte kostnader inngår i sjablongfradraget som grunnlag for skattefradrag det året lønnskostnaden pådras også i de tilfellene der kostnadene pådras i forbindelse med egentilvirkning av et driftsmiddel. Dette gjelder uavhengig av om lønnskostnaden må aktiveres på driftsmiddelet med tanke på fradraget i alminnelig inntekt.