Et forsknings- og utviklingsprosjekt må være godkjent av Norges forskningsråd for at kostnadene kan inngå i grunnlaget for skattefradrag, se sktl. § 16‑40 annet ledd annet punktum. Avslag på godkjenning kan påklages til særskilt klageorgan, se FSFIN § 16‑40‑9 tredje ledd.

For at statsstøtte skal anses å være lovlig etter statsstøtteregelverket må støtten som utgangspunkt ha insentiveffekt, dvs. at støtten må ha vært utløsende for den aktuelle aktivitet hos foretaket, jf. gruppeunntaksforordningen art 6.

Etter art. 6 (4) gjelder det imidlertid et unntak for enkelte ordninger, som gir foretaket rett til støtte dersom det oppfyller objektive kriterier. For Skattefunn-ordningen gjelder slike objektive kriterier og foretaket kan dermed søke om Skattefunn-støtte selv om forskningsprosjektet er påbegynt.

Godkjenning fra Norges forskningsråd kan gjelde flere inntektsår, normalt inntil tre år (unntaksvis inntil 4 år). Ved omorganiseringer (fusjoner/fisjoner mv.) hvor virksomheten videreføres i et foretak med et annet organisasjonsnummer enn det godkjenningen er gitt for, må det søkes om ny godkjenning dersom Skattefunn-prosjektet ikke er fullført på fusjonstidspunktet. Dersom prosjektet er fullført på fusjonstidspunktet, overføres ev. rettigheter og plikter knyttet til Skattefunn-prosjektet til det overtakende selskapet uten at det er behov for ytterligere godkjenning fra Forskningsrådet.

I forbindelse med godkjenningsprosessen av prosjektet, skal foretaket avgi egenerklæring om at det bl.a. ikke var i vanskeligheter på godkjenningstidspunktet, sepkt. 2.2. Det skal også avgis egenerklæring om at foretaket har etterkommet ev. krav om tilbakebetaling av støtte, sepkt. 2.3 og at foretaket er kjent med at maksimal støtteintensitet skal beregnes med grunnlag i netto støtteberettigede kostnader, sepkt. 11.

Norges forskningsråd kan kreve at bedriften skal rapportere fremdrift og oppnådde resultater i det godkjente prosjektet, jf. FSFIN § 16‑40‑10. Ved manglende rapportering kan godkjenningen trekkes tilbake.

Søkeren har rett til å få realitetsbehandlet sin søknad i søknadsåret, dersom den mottas av Norges forskningsråd før 1. september, se FSFIN § 16‑40‑4 tredje ledd. Søknader som innkommer senere kan også realitetsbehandles i søknadsåret, men uten at søkeren har krav på realitetsbehandling dette året. Tidspunkt for godkjenning har betydning for hvilke års kostnader som kan inngå i grunnlaget for skattefradrag, se pkt. 5.2.

Skattemyndighetene har ikke adgang til å overprøve selve godkjenningen av prosjektet som sådant, men kan be om dokumentasjon på at de kostnader det kreves fradrag for faktisk tilhører prosjektet, se LRD 19. mai 2011 (Gulating) i Utv. 2011/1134.