Etter FMVA § 10‑3‑2 første ledd kan søknad sendes kvartalsvis, og senest seks måneder etter utløpet av det året kjøpet ble foretatt. Søknaden sendes skattekontoret, sammen med en oversikt over salgsdokumentene, sendes skattekontoret. Kopier av salgsdokumenter skal ikke vedlegges søknaden, men disse må oppbevares i minst tre år fra utløpet av det enkelte kvartal, jf. annet ledd.

Søknad fra EUMETSAT sendes gjennom Meteorologisk institutt, jf. FMVA § 10‑3‑2 tredje ledd.

Søknad vedrørende oppdrag for ESA sendes gjennom Norsk Romsenter, jf. FMVA § 10‑3‑2 fjerde ledd.

Etter FMVA § 10‑3‑2 femte ledd skal søknad om refusjon av merverdiavgift fra EISCAT-prosjektet sende gjennom Norges forskningsråd.

Det er skattekontoret i Moss som håndterer refusjonsordningen.