Departementet har på bakgrunn av traktater og andre internasjonale avtaler gitt avgiftsfritak til internasjonale organisasjoner mv. Fritaket for internasjonale militære styrker og kommandoenheter er omtalt i kap. 6‑13. Se også FMVA §§ 6‑13‑1 til 6-13-6.

Særordninger på bakgrunn av traktatsrettslige forpliktelser er på generelt grunnlag omhandlet i St.meld. nr. 17 (1971–72).

Departementet kan etter § 10‑3 både gi forskrift og treffe enkeltvedtak om refusjon av inngående merverdiavgift til bestemte internasjonale organisasjoner. Skattedirektoratet har ved delegasjonsvedtak fått kompetanse til å gi forskrift og til å treffe enkeltvedtak etter bestemmelsen, se departementets vedtak 15. desember 2009 og 25. februar 2013.

Omfanget av refusjonsordningen fremgår av FMVA § 10‑3‑1. Søknadsprosessen er nærmere regulert i § 10‑3‑2. Refusjon gis etter FMVA § 10‑3‑1 første ledd bokstav a, b og c for merverdiavgift ved kjøp av varer og tjenester til offisiell bruk ved NATO-hovedkvarteret, til offisiell bruk for NATOs internasjonale stab og dens organisasjon og offisielle anskaffelser til bruk for amerikanske styrker. Det samme gjelder varer og tjenester som skal brukes ved utførelsen av en avtale med eller på vegne av amerikanske styrker, eller som skal inngå som del i produkter eller anlegg som brukes av amerikanske styrker. Det refunderes også merverdiavgift på løsøregjenstander til personlig bruk for medlemmer av amerikanske styrker og medfølgende, jf. tredje ledd. Tilsvarende gjelder kjøp av varer omfattet av merverdiavgiftsloven § 3‑1 annet ledd (merverdiavgift på varer med lav verdi, omfattet av VOEC-ordningen) til personlig bruk for medlemmer av den amerikanske styrken, medfølgende og utenlandske kontraktører, jf. fjerde ledd. Inngående merverdiavgift på varer og tjenester som nevnt i FMVA §§ 10‑2‑1 og 10-2-2 til offisiell bruk for internasjonale organisasjoner og samarbeidsprosjekter som i overenskomst er innrømmet fritak for merverdiavgift, refunderes etter § 10‑3‑1 annet ledd.

Videre gis refusjon for merverdiavgift ved kjøp av varer og tjenester til offisiell bruk for European Organisation for the Exploitation of Meteorological Satellites (EUMETSAT), European Space Agency (ESA) og oppdrag for ESA, The U.S.- Norway Fulbright Foundation for Educational Exchange (Fulbright), EISCAT-prosjektet, Nordic Investment Bank (NIB), Den europeiske organisasjon for kjernefysisk forskning (CERN), konsortium for felles europeisk forskningsinfrastruktur (ERIC) og dets medlemmer i henhold til nærmere vilkår, Den europeiske patentorganisasjonen (EPO), Det europeiske sjøsikkerhetsbyrået (EMSA) og Det europeiske byrået for den operative forvaltningen av store IT-systemer innen området for frihet, sikkerhet og rettferdighet (eu-LISA). Dette fremgår nå av § 10‑3‑1 første ledd bokstav d, e, f, g, h, i, j, k, l, m og n. Også norske aktører som har særskilte oppdrag for ESA kan innvilges refusjon, etter bokstav h.

Begrepet «offisiell bruk» kan ha forskjellig innhold avhengig av den konkrete avtalen og formålet med denne.